체스대회에참가하는경시청의시라토리경부를응원하기위해담임코바야시선생님과부담임와카사선생님의인솔하에동행한코난과어린이탐정단.하지만석궁살인사건이벌어지고,현장에있던경시청수사1과의관리관쿠로다효우에는강렬한기시감을느끼며17년간미제사건으로남아있는일본의전설적인장기기사하네다코지와미국의대부호아만다휴즈의살인사건을떠올린다.당시피해자를최초로발견하며수사를펼쳤던쿠로다는하네다코지와아만다휴즈의풀리지않는다잉메시지,그리고사라진아만다휴즈의보디가드에대한내용을코난에게알려주고실마리를찾으려한다.코난은현재와교차하는‘그날’의진상에대한단서를풀어나가고,그시각검은조직의2인자럼또한17년전사건의목격자이자유일한생존자인아만다휴즈의보디가드인레이첼아사카를집요하게추적하는데….끝맺지못한17년전의사명,멈췄던시간이다시흐른다!검은조직VS경찰VS코난17년만에다시시작된엔드게임!