때는서기2029년,아시아의뉴포트라는도시.인간의뇌도통신네트워크의일부가된사회에서가장극악한범죄는‘고스트해킹’이다.이는인간의정체성을규명하는광의의영혼을뜻하는‘고스트’를해킹해타인의기억등을조작하고변경시키는것.인형사(PuppetMaster)라불리는정체불명의악명높은고스트해커가유럽에서뉴포트로주활동무대를옮겼다는소식이들린다.이를막기위해외교상일어나는국제범죄,테러등에대해정보수집과감사를행하는정보기관공안6과와쿠사나기모토코소령을중심으로한공안9과,즉공각기동대가나선다.일종의사이보그인쿠사나기소령과그일행은사건을수사하던중인형사에얽힌비밀을알게된다.